Der Name erscheint 1215 als Malberch, 1218 als Malberc (WUB III, Nr. DLXXVI; FUBI, Nr. 150). Man deutet ihn als Berg der Gerichtsstätte nach dem althochdeutschen mahal = Gerichtsstätte (Krieger). Ein sich von Mahlberg nennender Adel ist seit der zweiten Hälfte des 12. Jahrhunderts nachweisbar (Kindler von Knobloch). Die Donaueschinger Handschrift Nr. 499, folio 247 zeigt als sein Wappen in Gold einen aufgerichteten schwarzen Löwen. Nach Karl Siegfried Bader (Burg, Dorf und Stadt) bilden die Grundelemente der mittelalterlichen Stadt >>burgum und mercatum, Burg und Markt<<. Mahlberg orndet er in die Städte ein, <<die überwiegend Burgcharakter haben<<. 

Der Staufer Friedrich II. (1215 – 1250) verlieh der in Anlehnung an die Burg entstandenen Siedlung auf der Höhe noch als Römer könig vor 1223 das Marktrecht und erhob sie zur Stadt (Amtliche Beschreibung). Bis in das 19. Jahrhundert hinein unterschied man Dorf und Stadt Mahlberg. Ersteres lag außerhalb der Befestigungsanlagen in der Rheinebene ( Städtebuch). Um die Mitte des 13.Jahrhunderts kamen die Geroldsecker in den Besitz von Schloß Mahlberg nebst Zugehör. Kaiser Heinrich VII. (1308 – 1313) verlieh in Rom Walter von Geroldseck-Lahr das <<castrum Mahlberg, situm in der Mortenawe, cum omnibus suis pertinentiis<< = die in der Ortenau gelegene Burg Mahlberg mit allem, was dazugehörte (Reinhard, Urkunde Nr. XII).

Bei Auflösung des Gemeinschaftsbesitzes von Baden uns Nassau im Jahr 1629 wurde die Stadt Zentrum der gleichnamigen baden-badischen Herrschaft. Auch nach der Wiedervereinigung der Markgrafschaften 1771 blieb sie Amtssitz, bis sie 1810 dem Amt Lahr zugeschlagen wurde. 1935 verlor Mahlberg die Eigenschaft als Stadt und gewann sie 1950 zurück (Amtliche Beschreibung). Das heutige Wappenbild gleicht im Grunde dem an Urkunden von 1477 bis 1534 erhaltenen Siegel. Es zeigt in halbrundem Schild einen Fünfberg mit zwei darüber schwebenden Sternen; Umschrift Sigillum Oppidi Malberg. Später wird aus dem Fünfberg ein Sechsberg,  allerdings in recht primitiver Darstellung. Seit 1895 finden wir wieder den Fünfberg, bestehend aus aufeinandergeschichteten Natursteinen. Etwa seit der Mitte des 19. Jahrhunderts ist der frühbarocke Schild bläätterförmig bekrönt (vgl. zum Ganzen Städtesiegel). Im Lauf der sechsziger Jahre erhielt das Wappenbild die hier wiedergegebene Gestalt. Die Flagge ist gelb-blau.

Der Berg >>redet<< für den Ortsnamen. Die beiden Sterne können das alte Fleckenzeichen sein. Vielleicht symbolisieren sie auch, wie Klemens Stadler meint, die bis 1629 dauernde Zeit, während der die Stadtherrschaft geteilt war.